No siento mucha simpatía por Github por el caso de acoso (a pesar de que el implicado dejó la empresa, no queda todo aclarado), pero sin duda me gusta su fuente y resalte de sintaxis. No es posible igualar la configuración, pero esta es una aproximación:

• “Preferences > General > Appearance > Colors and Fonts > Java > Text Font” : Liberation Mono 9, aunque en Eclipse tal vez sea mejor Droid Sans Mono 9 por problemas con el interlineado.
• “Preferences > Java > Editor > Syntax Coloring”
  • Comments > * : Color #999988
  • Javadoc > * : Color #999988
  • Java >
    • Annotations: #333333
    • Abstract method invocation: #008080
    • Auto-unboxed expressions: #445588 bold
    • Brackets: #333333 bold
    • Classes: #333333
    • Deprecated Members: #333333 striketrough
    • Fields: #333333
    • Interfaces: #333333
    • Keyword ‘return’: #333333 bold
    • Keywords excluding ‘return’: #445588 bold
    • Method declarations: #990000 bold
    • Methods: #008080
    • Numbers: #008080
    • Operators: #333333 bold
    • Parameter variables: #333333
    • Static fields: #333333
    • Static method invocations: #333333
    • Strings: #DD1144
• Line spacing: debería incrementarse, pero en Eclipse no es posible.

Ejemplo de resultado, aunque no es exactamente igual al que aparece en Github: