El siguiente enlace contiene una explicación detallada y genial: Dive Into HTML5

El resumen sencillo es:

• Utilizar como doctype: html (sin nada más)
• Utilizar el formato Webm (codec de vídeo VP8 y audio Vorbis)
• Utilizar el tag <video> de HTML5
• Configurar en Apache el MIME type añadiendo a la configuración lo siguiente: AddType video/webm .webm

Como curiosidad, he añadido a apache2.conf las siguientes líneas de configuración:

AddType video/ogg .ogv
AddType video/mp4 .mp4
AddType video/webm .webm