Al utilizar Scim parece ser que hay un problema de configuración. Para solucionarlo simplemente hay que editar el fichero /etc/scim/global y añadir la codificación local (‘$locale‘ o ‘$echo $LANG‘) a la configuración. En mi caso, la línea relevante me queda así:

/SupportedUnicodeLocales = es_ES.UTF-8,en_US.UTF-8

Y listo :)